Cuando Francisco Pizarro regresó a España desde Perú con las noticias de los fabulosos tesoros que allí existían, Aguirre, de 21 años, vivía en Sevilla; allí se alistó en una expedición de 250 hombres al mando de Rodrigo Burán, llegando a Perú en 1536. En ese tiempo la corona española quería implantar las llamadas Leyes Nuevas, así como acabar con el sistema de encomiendas y liberar a los nativos, disposiciones que no agradaban a los conquistadores porque dichas disposiciones les impedían seguir explotando a los indios.
Lope de Aguirre, a su llegada al Perú, se alistó en un contingente militar al mando de Núñez Vela y durante dos años estuvo enfrentado al que capitaneaban Gonzalo Pizarro y Francisco de Carvajal. En 1546 éstos últimos derrotaron a Núñez Vela y entonces Lope de Aguirre huyó a Nicaragua, regresando a Potosí –entonces perteneciente a Perú- en 1551. Después de su captura fue arrestado y azotado públicamente por orden del juez Francisco de Esquivel, magistrado a quien él perseguirá durante varios años hasta asesinarlo en su residencia de Cuzco, lo cual le valió una condena a muerte que nunca se cumplió.
En septiembre de 1560 el conquistador Pedro de Ursúa partió por el río Amazonas –entonces denominado Marañón- en busca del fabuloso El Dorado con unos 300 soldados -entre ellos Lope de Aguirre y Elvira, su hija mestiza-, varias decenas de esclavos negros y unos 500 sirvientes indios. Por la ruta tomada la historia se referirá a ellos como “Los marañones”.
Un año más tarde Lope de Aguirre participó en el derrocamiento y asesinato de Ursúa y después el de su sucesor, Fernando de Guzmán, al que sustituyó como jefe; también mandó a matar a Inés de Atienza, mestiza que había sido la compañera sentimental de Ursúa. Finalmente los expedicionarios alcanzaron el Océano Atlántico, posiblemente en la desembocadura del río Orinoco.
En 1561 Lope de Aguirre obligó a los capitanes y soldados bajo su mando a firmar una declaración de guerra al Imperio Español proclamándose Príncipe de Perú, Tierra Firme y Chile, según carta detallada que le envió al rey Felipe II, firmando con el sobrenombre de “Traidor”. Ese mismo año tomó la isla de Margarita, desde donde redactó varias detalladas cartas al rey, firmando con los sobrenombres de “Peregrino” y “Príncipe de la libertad”. En Barquisimeto mató a su propia hija, así como a varios de sus seguidores; finalmente fue muerto en dicha ciudad por uno de los marineros el 27 de octubre de 1561. Su cabeza fue enjaulada y enviada a El Tocuyo; en un juicio post-mortem fue declarado culpable de delito de lesa majestad.
Arturo Uslar Pietri publicó en 1947 «El camino de El Dorado» y Miguel Otero Silva dio a conocer, en 1979, «Lope de Aguirre, Príncipe de la libertad». El compositor Evencio Castellanos escribió el oratorio «El tirano Aguirre», que iba a ser estrenado en una función de reinauguración del Teatro Municipal de Caracas el 29 de julio de 1967 y que debió suspenderse porque a pocos minutos de comenzar el concierto la ciudad fue estremecida por un fuerte terremoto que dejó severos daños materiales y pérdida de vidas.